Iglesia del siglo XVII de planta de cruz latina y tres naves. Se supone que la construcción de la Iglesia es posterior a la construcción del convento, esto del siglo XV. También se clasifican su altar mayor y las respectivas pinturas realizadas por M. Lopes Matos, por su importancia. Hoy, este convento se encuentra muy desvirtuado de su diseño original, ya que sufrió varias reconstrucciones, debido a dos incendios que lo destruyeron. La Iglesia de S. Francisco, que formaba parte del citado convento, comenzó a reconstruirse en 1618 y finalizó en 1689. Según la tradición, fue un noble de la familia Távoras (D. Luís Álvares de Távora) quien ordenó su construcción.
La construcción de este importante conjunto, constituido por la Iglesia y el Cenobium, demuestra la importancia de esta región. Su construcción se inició y finalizó en el siglo XVII, aunque hay referencias a la existencia de frailes franciscanos en un período anterior. Pero debido al análisis arquitectónico del edificio manierista sobre los alzados de la fachada frontal de la Iglesia y Convento y, analizando las fuentes documentales existentes, su construcción tuvo lugar en la primera mitad del siglo XVI, y aquí se celebró la primera misa el 25 de diciembre. de 1624. Además de la composición arquitectónica del conjunto, destaca la arquitectura de la Iglesia, de planta de cruz latina, con varias fuentes de luz, con los rasgos característicos de una Iglesia conventual. Aunque su sencillez es un reflejo del ideal franciscano, el arte sacro existente refleja la meritoria intención del mecenas de la obra, Luís Alvares de Távora. El altar mayor con estructura arquitectónica manierista en talla dorada, con cuadros de pasajes de la vida de S. Francisco que llenan la parte de los pequeños edificios y el magnífico sacramento que recuerda la imagen de la época del templo de Salomón.
Los altares laterales del crucero, también de estructura arquitectónica manierista, de madera dorada, dedicados a Nossa Senhora da Conceição y Santa Cruz, reflejan obras artísticas de artesanos especializados. Los altares a los lados de la nave reflejan diferentes estilos artísticos, desde el barroco al rococó. Actualmente, las imágenes colocadas en la mayoría de los altares siguen siendo los santos del culto franciscano. Destacamos el coro alto construido en la zona del nártex, con una silla decorada con motivos vegetales, zoomorfos y antropomorfos, reflejando el espíritu misionero franciscano. Una orden que valora la evangelización y la educación de las personas, cuidando a los enfermos y a los pobres.
Lamentablemente, la parte conventual del edificio se vio significativamente alterada por las sucesivas obras que sufrió el edificio, por su adaptabilidad a las distintas funciones, que le fueron conferidas tras la extinción de las órdenes religiosas en 1834. Su área Conventual se cerró, fue demolido a principios del siglo XX.
Actualmente es el edificio de los Paços do Concelho y del área exconventual destacamos el Salão Nobre.